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I Dipartimenti sono le strutture scientifiche che organizzano e gestiscono le attività di ricerca dell'Ateneo. Ad oggi nell'Università del Molise ci sono 7 Dipartimenti organizzati per settori di ricerca.
S.A.V.A.
Dipartimento di Scienze Animali, Vegetali e dell'AmbienteS.T.A.A.M.
Dipartimento di Scienze e Tecnologie Agro-Alimentari Ambientali e MicrobiologicheS.T.A.T.
Dipartimento di Scienze e Tecnologie per l'Ambiente e il TerritorioS.pe.S.
Dipartimento di Scienze per la SaluteS.G.S.A.
Dipartimento di Scienze Giuridico-Sociali e dell'AmministrazioneS.E.Ge.S.
Dipartimento di Scienze Economiche Gestionali e SocialiS.U.S.S.
Dipartimento di Scienze Umanistiche, Sociali e della Formazione
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