Il Dipartimento è la struttura che programma, coordina e gestisce l’attività didattica, di ricerca e di servizio dell’Ateneo. Il Dipartimento è la struttura di afferenza del personale docente, dei ricercatori a tempo determinato e del personale tecnico-amministrativo ad esso assegnato.
I Dipartimenti dell‘Università degli Studi del Molise sono 6, a questi va aggiunto il Centro Ricerca e Servizio di Ateneo per la Formazione “G.A. Colozza”, struttura che possiede le stesse funzioni di una facoltà per realizzare i nuovi percorsi formativi destinati ai futuri insegnanti.