Il Dipartimento è la struttura che programma, coordina e gestisce lattività didattica, di ricerca e di servizio dellAteneo. Il Dipartimento è la struttura di afferenza del personale docente, dei ricercatori a tempo determinato e del personale tecnico-amministrativo ad esso assegnato. I Dipartimenti dell‘Università degli Studi del Molise sono 6, a questi va aggiunto il Centro Ricerca e Servizio di Ateneo per la Formazione G.A. Colozza, struttura che possiede le stesse funzioni di una facoltà per realizzare i nuovi percorsi formativi destinati ai futuri insegnanti.